POZOR SPOILER
Ve středověku, v roce 1941 je ve Francii James McCullen potrestán za to, že prodával zbraně nepřátelům Ludvíka XIII, ale také jemu. Není zabit, ale je mu nasazena železná maska.
Z tohoto století se přesuneme do blízké budoucnosti. McCullen, potomek toho z roku 1641, též zvaný Destroy, předvádí účinek své nové zbraně a prohlašuje, že zítra budou první hlavice převáženy z Kirgizstánu. Ochranu tohoto kufru zajišťuje Duke se svým kamarádem a celým týmem. Na 41. kilometru dojde k přepadení a Duke málem o kufr přijde. Vlastně je skoro poražen, ale zjeví se tu dívka s mužem a na poslední chvíli pomohou. Ukáže se, že jsou to lidí generála Hawka, který vede speciální tajnou jednotku s názvem G.I.Joe. Ta má základnu uprostřed pouště a říká se jí doupě. Duke i jeho kamarád projdou testy a stanou se také členy.
Původce přepadení je žena. Bývalá Dukeho milenka. Nyní je vdaná a jmenuje se Ana De Cobray. Ta dělá pro svého milence a šéfa, jímž není nikdo jiný než právě McCullen. Ten nyní přišel do Doupěte, aby zkontroloval obsah svého kufru. Hawk netuší, že to je on, kdo zorganizoval přepadení. A také netuší, že při kontrole to McCullen zařídil tak, aby bylo zařízení možno vystopovat. Tak se i stane a kufr je Anou ukraden.
Následně jsou hlavice aktivovány s pomocí barona de Cobraye, který je hned poté zavražděn. Nebezpečná zbraň je odvezena do Paříže. Jednotka z Doupěte ví kde je a dochází k boji, který jednotka nezvládne. Jedna z hlavic je vypuštěna na Eifelovu věž a ta se jejím vlivem kácí. Duke je navíc při akci zajat. Jeho lidé také. Ovšem on je zajatcem Destroe, kdežto oni zajatci francouzské policie.
Dukemu se podaří podobná věc jako tehdy u nich Destroyovi, totiž zapne na kufru ukazatel jeho polohy. Jednotka je policií propuštěna a ihned spěchá ke kufru. Zjistí, že Destroy má podvodní základnu přímo pod ledem Antarktidy.
Zrovna když chce Destroy udělat z Dukeho bezduchého androida, začíná masívní útok. Nu a Duka už čekají jen samá překvapení, jedno větší než druhé. A jednotka G.I.Joe útočí na všech frontách...
